Implementarea directivei se realizează în 3 etape, prima dintre ele constând în evaluarea preliminară a riscului la inundaţii (EPRI), care presupune identificarea inundaţiilor istorice semnificative şi a zonelor cu risc potenţial semnificativ la inundaţii. Această primă etapă a avut ca termen de finalizare 22 decembrie 2011, cu termen de raportare la Comisia Europeană 22 martie 2012.

Evaluarea preliminară a riscului la inundaţii este urmată de întocmirea până în 22 decembrie 2013 a hărţilor de hazard (HH) şi de risc la inundaţii (HRI).

În cadrul ultimei etape statele membre vor elabora planurile de management a riscului la inundaţii (PMRI), pe baza hărtilor de hazard şi de risc rezultate